O Nordeste se destaca no cenário nacional, tendo o cultivo do melão (Cucumis melo L.) como uma das atividades de maior expressão social e econômica da região. Dentre os principais problemas enfrentados pelos produtores, destacam-se as doenças, dentre ela o colapso do meloeiro causado por Monosporascus cannonballus. Apesar da importância da doença pouco se conhece sobre a variabilidade desse patógeno. Visando investigar a variabilidade em isolados de M. cannonballus oriundos de plantas daninhas (Boerhavia diffusa L. e Trianthema portulacastrum L.), em áreas produtores de melão nos estados do Rio Grande do Norte e Ceará, 36 isolados foram avaliados quanto a taxa de crescimento micelial (TCM), número de peritécios (NP) e número de ascósporos (NA), nas diferentes temperaturas, 20, 25, 30 e 35ºC, diferentes níveis de salinidade, 0, 1, 4 e 8%, diferentes níveis de pH, 5,5, 6,0 e 8,0 , bem como a senbilidade ao fungicida fluazinam (ICMF). A temperatura de 30ºC apresentou os maiores valores de TCM, enquanto a de 20ºC os menores. Os maiores valores de NP foram registrados na temperatura de 30ºC enquanto a de 25ºC foi a única onde houve produção de ascósporos. O níveis de 0 de 1% de salinidade registrara os maiores valores de TCM, e o de 8% os menores. Valores de NP foram observados apenas nos níveis de 0 e 1% de salinidade, sendo no de 0% registrados os maiores valores. O NA foi verificado apenas ao nível de 0%. O níveis de pH 5,5 e 6,0 proporcionaram os maiores valores de TCM, enquanto o de 8,0 os menores. Os valores de NP foram observados em todos os níveis de pH, sendo o de 6,0 os que proporcionaram maiores valores. Não houve produção de ascósporos em nenhum nível de pH. Todos os isolados foram sensíveis ao fungicida fluazinam, apresentando baixa sensibilidade, com média de 15,53% ICMF. Todos os isolados foram patogênicos a melão e melancia com um ISD médio de 56,25 e 70,13 % respectivamente. Na análise multivariada foi verificada a formação de 6 grupos de similaridade. Diferentes isolados de uma mesma área foram distribuídos em diferentes grupos de similaridade, indicando a alta variabilidade entres os isolados. A ocorrência dessa alta variabilidade deve ser considerada nos programas de melhoramento de melão, evitando que genótipos suscetíveis não sejam considerados resistentes.