A raça de caprinos saanen está presente em todos os países que têm uma caprinocultura leiteira razoavelmente desenvolvida, sendo a raça predominante nos criatórios e, de maior média de produção de leite. Objetivou-se com este estudo avaliar a estrutura populacional e o efeito da endogamia sobre a produção de leite até os 305 dias de lactação e a duração da lactação em cabras da raça saanen pertencentes a rebanhos participantes do programa de melhoramento genético de caprinos leiteiros (Capragene®).  Os parâmetros populacionais avaliados foram o número efetivo de fundadores (fe) e ancestrais (fa), tamanho efetivo (Ne), coeficiente de endogamia (F), incremento individual de endogamia (∆Fi), coeficiente médio de parentesco (AR), a integridade dos pedigrees e as estatísticas f de Wright, sendo estimados através do software ENDOG (versão 4.8). O efeito da endogamia foi verificado pelo teste t, avaliando contraste por meio de uma sub-rotina do aplicativo MTDFREML. Foi utilizado dados de pedigree de 7.640 animais e informações de 3.548 lactações pertencentes a 2.154 cabras. Os coeficientes de F e AR médios da população foram de 1,48% e 0,78% respectivamente. Já o tamanho efetivo variou de 67,70 a 10,50, a partir das gerações completas. O número efetivo de animais fundadores (fe) e de ancestrais (fa) foi 123 e 101 respectivamente, sendo que de todos os ancestrais apenas, 39 foi responsável por explicar 50% da variabilidade genética da população, o que indica perda de genes de origem. Quanto à integridade dos pedigrees foram identificados 80,13% animais como pais (reprodutores) e 79,02% como mães. Para subdivisão da população os valores obtidos para F_is, F_st e F_it foram -0,017, 0,028 e 0,011 respectivamente, indicando a ausência de estruturação da população. Não houve efeito significativo da endogamia sobre a duração da lactação (p<0,05). A produção de leite até os 305 dias de lactação foi afetada significativamente pela endogamia, havendo uma redução de 2,31 kg quando há aumento em 1% de incremento individual de endogamia.